เดิมทีนั้นเกาะกูดเป็นเพียงหมู่บ้านที่ขึ้นตรง ตำบลเกาะหมาก อำเภอแหลมงอบ จังหวัดตราด ต่อมาในปี 2523 เกาะกูดได้รับการยกฐานะขึ้นเป็น ตำบลเกาะกูด ด้วยความที่เกาะกูดค่อนข้างไกล และ ห่างจากฝั่งแผ่นดินมาก โดยตัวเกาะกูดมีระยะห่างจากอำเภอคลองใหญ่ (ฝั่งตราด) ประมาณ ๔๐ กิโลเมตร ประชาชนบนเกาะกูดจึงมีความยากลำบากมากในการมาที่ฝั่งเพื่อติดต่อราชการในแต่ละครั้ง ประกอบกับเกาะกูดอยู่ใกล้ดินแดนประเทศกัมพูชาด้านเกาะกงมากกว่าฝั่งไทย ทางราชการจึงมีนโยบายเพื่อความมั่นคงและอำนวยความสะดวกแก่ประชาชน โดยได้ยกฐานะเกาะกูดและเกาะข้างเคียงขึ้นเป็น กิ่งอำเภอเกาะกูดตามประกาศกระทรวงมหาดไทย ครั้นต่อมา เมื่อวันที่ วันที่ ๒๔ สิงหาคม ๒๕๕๐ เกะกูดจึงได้ยกฐานะจากกิ่งอำเภอเกาะกูดเป็น อำเภอเกาะกูด จนถึงทุกวันนี้
เกาะกูดปรากฏชื่อเป็นครั้งแรกในเอกสารประวัติศาสตร์ในรัชสมัยของพระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลก มหาราชรัชกาลที่ 1 ปีพุทธศักราช 2325 ซึ่งเป็นปีเดียวกับที่ตั้งกรุงเทพมหานครโดยที่องเชียงสือ (เจ้ามืองญวนขณะนั้น) และครอบครัวได้หลบหนีกองทัพขององค์ไกเซินเจ้าเมืองกุยเยินที่ยกมาตีเมืองไซ่ง่อน เพื่อหวังเข้ามาพึ่งพระบรมโพธิสมภารพระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลก มหาราชที่กรุงเทพมหานคร ครั้นต่อมาในปี พ.ศ. 2329 หรือ ปีจุลศักราช 1148 องเชียงสือคิดจะกอบกู้บ้านเมืองคืน ถึงกระนั้นจะทูลลาออกไปกู้บ้านเมืองก็เกรงพระอาญา ด้วยขณะนั้น ด้วยการศึกพม่ายังรบพุ่งติดพันกันอยู่ องเชียงสือจึงได้ตัดสินใจเขียนหนังสือกราบถวายบังคมแล้วหนีออกมาพร้อมด้วยองญวนอีกหลายคน ครั้นหนีมาแล้วจงปรึกษากันว่าจะไปพักที่เกาะกูดขณะนั้นเกาะกูดเป็นเกาะที่ไม่มีชุมชนหรือหมู่บ้านตั้งถิ่นฐานอยู่เลย ซึ่งคนที่อยู่บนเกาะนั้นส่วนใหญ่เป็นคนไทยที่อพยพมาจากเมืองปัจจันตคีรีเขตร์ (เกาะกง) ที่ตกเป็นเมืองขึ้นของฝรั่งเศสเมื่อปี พ.ศ. 2447 องเชียงสือพำนักอยู่ที่เกาะกูดเป็นเวลา 1 ปี บริเวณที่องเชียงสือพำนักอยุู่ก็คือบริเวณน้ำตกคลองเจ้าในปัจจุบัน ด้วยเหตุนี้เองจึงเป็นที่มาของชื่อ "น้ำตกคลองเจ้า” น้ำตกลือชื่อของเกาะกูด โดยมีบันทึกว่า ชุมชนที่เก่าแก่ที่สุดบนเกาะกูด ได้แก่ชุมชนคลองมาดนั่นเอง
ระยะทางจากอำเภอเมืองตราดไปยังอำเภอต่างๆ คือ
อำเภอเขาสมิง 16 กิโลเมตร
อำเภอแหลมงอบ 17 กิโลเมตร
อำเภอบ่อไร่ 59 กิโลเมตร
อำเภอคลองใหญ่ 74 กิโลเมตร
อำเภอเกาะช้าง 27 กิโลเมตร
อำเภอเกาะกูด 82 กิโลเมตร